The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
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Server Name
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Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Robetta - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 100 | 55 | 6 | 1 | 0 | --8:04:15 | 07:56:01 | -8.25 | 66.08 | -4.27 | 68.79 | -7.37 | 87.88 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaFold | 0 | 47 | 1 | 0 | -33:47:14 | 08:41:16 | -0.89 | 71.07 | -0.63 | 70.94 | 0.91 | 66.91 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phyre2 | -1 | 47 | 1 | 0 | --7:01:32 | 08:41:16 | 15.90 | 71.07 | 12.70 | 70.94 | 7.44 | 66.91 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RoseTTAFold | -1 | 47 | 0 | 1 | --3:52:11 | 09:22:56 | -1.09 | 71.07 | -0.48 | 70.94 | 1.50 | 66.91 | -3.21 | 81.18 | 0.39 | 97.70 | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-MODEL | -1 | 47 | 0 | 1 | --9:08:37 | 08:57:41 | 10.98 | 71.07 | 9.98 | 70.94 | 3.89 | 66.91 | 2.17 | 81.18 | 1.54 | 97.70 | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RaptorX | 18 | 29 | 1 | 0 | -09:04:03 | 09:04:49 | 4.49 | 70.05 | 3.92 | 70.11 | 4.95 | 68.62 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SPARKS-X | 63 | 0 | 1 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD3-TS | -1 | 47 | 1 | 0 | -30:07:33 | 08:41:16 | 9.75 | 71.07 | 8.81 | 70.94 | 2.96 | 66.91 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NaiveBLAST | 7 | 41 | 1 | 0 | --10:47:11 | 09:13:11 | 19.22 | 72.26 | 19.07 | 71.47 | 6.47 | 66.49 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD4-TS | 3 | 45 | 1 | 0 | -47:34:09 | 07:48:31 | 7.77 | 70.74 | 7.08 | 70.76 | 0.60 | 66.44 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO | 38 | 18 | 1 | 0 | --7:06:56 | 09:13:04 | 14.37 | 72.44 | 14.88 | 72.76 | 3.30 | 61.01 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_3D | 39 | 18 | 1 | 0 | --7:37:28 | 08:58:10 | 16.76 | 73.14 | 16.00 | 73.21 | 6.42 | 53.82 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_3D | 53 | 8 | 1 | 0 | --5:05:21 | 07:21:30 | 18.99 | 69.82 | 15.55 | 70.13 | 8.00 | 69.29 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_CL | 52 | 7 | 1 | 0 | --7:57:59 | 08:53:58 | 25.10 | 72.98 | 20.71 | 69.99 | 27.23 | 55.86 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_CL | 40 | 16 | 1 | 0 | --6:11:14 | 08:21:02 | 13.60 | 73.40 | 14.37 | 73.62 | 3.12 | 68.10 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD5-TS | 0 | 47 | 1 | 0 | -33:47:48 | 08:41:16 | 7.75 | 71.07 | 6.54 | 70.94 | 1.75 | 66.91 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD6-TS | 0 | 46 | 1 | 0 | -19:08:34 | 08:35:31 | 6.75 | 70.95 | 5.62 | 70.86 | 1.77 | 66.91 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_orig | -1 | 47 | 1 | 0 | -39:06:54 | 08:41:16 | -12.82 | 71.07 | -9.17 | 70.94 | -9.60 | 66.91 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_notemp | -1 | 47 | 1 | 0 | -45:31:13 | 08:41:16 | -12.80 | 71.07 | -9.25 | 70.94 | -9.43 | 66.91 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ZlxFold | -1 | 47 | 1 | 0 | -50:16:23 | 08:41:16 | -12.53 | 71.07 | -9.07 | 70.94 | -9.39 | 66.91 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BestSingleStructuralTemplate | 6 | 42 | 1 | 0 | --3:35:48 | 07:19:14 | 1.94 | 70.46 | 2.47 | 70.68 | -1.29 | 65.89 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 90 | 50 | 11 | 1 | 0 | --8:45:11 | 07:15:05 | -1.37 | 65.81 | 1.15 | 67.64 | -8.36 | 88.23 | - | - | - | - | server99 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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| Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | |||