The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
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Server Name
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Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Robetta - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 100 | 14 | 1 | 0 | 0 | --15:21:27 | 14:38:59 | -1.67 | 56.70 | -3.05 | 63.62 | - | - | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaFold | 0 | 15 | 0 | 0 | -58:00:30 | 11:07:04 | -2.33 | 70.29 | -1.38 | 70.30 | 0.39 | 72.60 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phyre2 | -1 | 15 | 0 | 0 | --10:52:54 | 11:07:04 | 13.39 | 70.29 | 9.72 | 70.30 | 8.61 | 72.60 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RoseTTAFold | -1 | 15 | 0 | 0 | --8:05:19 | 11:07:04 | -3.47 | 70.29 | -2.23 | 70.30 | 2.25 | 72.60 | - | - | - | - | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-MODEL | -1 | 15 | 0 | 0 | --13:59:53 | 12:09:06 | 4.98 | 70.29 | 4.27 | 70.30 | 4.43 | 72.60 | - | - | - | - | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RaptorX | 6 | 8 | 0 | 0 | --3:13:35 | 13:03:00 | 2.57 | 68.78 | 1.50 | 68.95 | 5.00 | 75.33 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SPARKS-X | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD3-TS | -1 | 15 | 0 | 0 | -34:22:33 | 11:07:04 | 7.42 | 70.29 | 6.97 | 70.30 | 4.59 | 72.60 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NaiveBLAST | 2 | 12 | 0 | 0 | --13:52:37 | 12:07:45 | 16.44 | 72.31 | 17.20 | 71.13 | 4.88 | 72.60 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD4-TS | 1 | 14 | 0 | 0 | -58:00:29 | 10:59:10 | 6.39 | 69.61 | 5.49 | 69.95 | 1.69 | 70.79 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server61 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_3D | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server62 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_3D | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_CL | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_CL | 15 | 0 | 0 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server65 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD5-TS | 0 | 15 | 0 | 0 | -52:14:30 | 11:07:04 | 4.90 | 70.29 | 3.94 | 70.30 | 3.07 | 72.60 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD6-TS | 0 | 14 | 0 | 0 | -27:57:45 | 10:51:35 | 3.99 | 69.85 | 3.33 | 69.99 | 1.46 | 72.60 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_orig | -1 | 15 | 0 | 0 | -36:14:28 | 11:07:04 | -14.83 | 70.29 | -11.28 | 70.30 | -14.53 | 72.60 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_notemp | -1 | 15 | 0 | 0 | -36:51:59 | 11:07:04 | -14.67 | 70.29 | -11.25 | 70.30 | -14.59 | 72.60 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ZlxFold | -1 | 15 | 0 | 0 | -55:06:02 | 11:07:04 | -14.81 | 70.29 | -11.29 | 70.30 | -14.20 | 72.60 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BestSingleStructuralTemplate | 4 | 10 | 0 | 0 | -00:03:48 | 08:54:41 | -1.07 | 71.07 | -0.42 | 71.40 | 1.30 | 72.62 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 90 | 13 | 2 | 0 | 0 | --16:41:27 | 15:18:48 | 12.44 | 55.62 | 11.54 | 61.96 | - | - | - | - | - | - | server99 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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| Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | |||