The pairwise comparison is showing the average differences of the reference with all the other servers, each on a common data subset. It is misleading to compare further servers among each other, without selecting a new reference as for each server pair the common subset may differ. Numbers in green denote scores where the reference server is better, numbers in red where another server was outperforming the reference server.
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Server Name
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Targets modeled |
Oligo-Targets modeled |
Avg. Response Time (hh:mm:ss) |
Avg. lDDT |
Avg. CAD-score |
Avg. lDDT-BS |
Avg. QS-score |
Avg. MM-align |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Dif. | Com. | Dif. | Com. | Dif. | Ref | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | Dif. | Ref. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Robetta - Reference | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 100 | 55 | 8 | 1 | 0 | --8:04:15 | 07:56:01 | -7.59 | 70.78 | -4.34 | 71.47 | -3.31 | 85.72 | - | - | - | - | server100 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PaFold | 0 | 63 | 1 | 0 | -33:47:14 | 08:41:16 | -0.50 | 73.22 | -0.30 | 72.03 | 0.74 | 67.97 | - | - | - | - | server101 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Phyre2 | -1 | 63 | 1 | 0 | --7:01:32 | 08:41:16 | 15.05 | 73.22 | 11.90 | 72.03 | 4.85 | 67.97 | - | - | - | - | server17 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RoseTTAFold | -1 | 63 | 0 | 1 | --3:52:11 | 09:22:56 | -0.85 | 73.22 | -0.37 | 72.03 | 2.28 | 67.97 | -3.21 | 81.18 | 0.39 | 97.70 | server19 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SWISS-MODEL | -1 | 63 | 0 | 1 | --9:08:37 | 08:57:41 | 8.81 | 73.22 | 7.88 | 72.03 | 0.17 | 67.97 | 2.17 | 81.18 | 1.54 | 97.70 | server20 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RaptorX | 18 | 44 | 1 | 0 | -09:04:03 | 09:04:49 | 4.09 | 73.21 | 3.51 | 71.78 | 2.27 | 69.41 | - | - | - | - | server22 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| SPARKS-X | 63 | 0 | 1 | 0 | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | - | server30 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD3-TS | -1 | 63 | 1 | 0 | -30:07:33 | 08:41:16 | 8.68 | 73.22 | 7.72 | 72.03 | 0.16 | 67.97 | - | - | - | - | server33 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NaiveBLAST | 7 | 55 | 1 | 0 | --10:47:11 | 09:13:11 | 16.45 | 74.78 | 16.20 | 72.82 | 2.67 | 67.72 | - | - | - | - | server36 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD4-TS | 3 | 60 | 1 | 0 | -47:34:09 | 07:48:31 | 6.40 | 73.05 | 5.92 | 72.00 | -2.21 | 67.73 | - | - | - | - | server58 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO | 38 | 25 | 1 | 0 | --7:06:56 | 09:13:04 | 13.14 | 74.86 | 12.71 | 73.64 | -1.70 | 67.71 | - | - | - | - | server61 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_3D | 39 | 24 | 1 | 0 | --7:37:28 | 08:58:10 | 15.65 | 75.29 | 14.27 | 74.00 | 0.70 | 62.38 | - | - | - | - | server62 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_3D | 53 | 10 | 1 | 0 | --5:05:21 | 07:21:30 | 19.58 | 70.88 | 15.32 | 70.21 | 8.00 | 69.29 | - | - | - | - | server63 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_HHS_CL | 52 | 11 | 1 | 0 | --7:57:59 | 08:53:58 | 21.93 | 75.81 | 16.91 | 72.03 | 18.07 | 46.88 | - | - | - | - | server64 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| PRIMO_BST_CL | 40 | 23 | 1 | 0 | --6:11:14 | 08:21:02 | 11.34 | 75.67 | 11.32 | 74.26 | -1.61 | 66.40 | - | - | - | - | server65 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD5-TS | 0 | 63 | 1 | 0 | -33:47:48 | 08:41:16 | 6.41 | 73.22 | 5.45 | 72.03 | -0.94 | 67.97 | - | - | - | - | server75 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IntFOLD6-TS | 0 | 62 | 1 | 0 | -19:08:34 | 08:35:31 | 5.48 | 73.17 | 4.57 | 71.99 | -0.95 | 67.97 | - | - | - | - | server90 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_orig | -1 | 63 | 1 | 0 | -39:06:54 | 08:41:16 | -12.27 | 73.22 | -9.20 | 72.03 | -9.91 | 67.97 | - | - | - | - | server96 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| pureAF2_notemp | -1 | 63 | 1 | 0 | -45:31:13 | 08:41:16 | -12.01 | 73.22 | -9.14 | 72.03 | -9.17 | 67.97 | - | - | - | - | server97 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ZlxFold | -1 | 63 | 1 | 0 | -50:16:23 | 08:41:16 | -12.00 | 73.22 | -9.06 | 72.03 | -9.88 | 67.97 | - | - | - | - | server98 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| BestSingleStructuralTemplate | 6 | 56 | 1 | 0 | --3:35:48 | 07:19:14 | 0.48 | 73.34 | 1.01 | 72.21 | -4.77 | 66.75 | - | - | - | - | server999 | False | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Naive AlphaFoldDB 90 | 50 | 13 | 1 | 0 | --8:45:11 | 07:15:05 | -2.01 | 68.74 | 0.29 | 69.46 | -5.38 | 86.68 | - | - | - | - | server99 | True | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Target
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ref. PDB | lDDT | CAD-score | lDDT-BS | QS-score | MM-align | Difficulty | ||||||||||
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| Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | Diff | Ref | Best | |||