
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.27     1.27
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.27     1.27
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    55      67_A - 121_A       0.99     1.41
  LCS_AVERAGE:     49.81

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     34   93   93     13   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     34   93   93     34   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     34   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     34   93   93     33   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     34   93   93     33   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     34   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     34   93   93     29   71   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     34   93   93     29   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     34   93   93     27   58   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     34   93   93     15   44   71   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     34   93   93     11   32   60   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     34   93   93     12   38   67   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     34   93   93      7   17   39   62   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     34   93   93      7   16   24   45   64   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     33   93   93      8   21   37   54   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     31   93   93      7    7   20   62   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     29   93   93      7    7   32   54   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     55   93   93      7   20   39   58   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     55   93   93      8   21   51   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     55   93   93      9   21   44   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     55   93   93     10   29   79   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     55   93   93     24   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     55   93   93     10   61   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     55   93   93     13   61   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     55   93   93     18   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     55   93   93     16   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     55   93   93     11   69   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     55   93   93     12   62   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     55   93   93     12   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     55   93   93     31   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     55   93   93     12   62   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     55   93   93     12   47   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     55   93   93     16   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     55   93   93     16   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     55   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     55   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     55   93   93      9   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     55   93   93      8   47   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     55   93   93     13   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     55   93   93     31   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     55   93   93     31   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     55   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     55   93   93     36   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     55   93   93     35   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     55   93   93     32   72   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  83.27  (  49.81  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     36     72     81     87     91     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  38.71  77.42  87.10  93.55  97.85 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.37   0.60   0.71   0.93   1.15   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27
GDT RMS_ALL_AT   1.35   1.32   1.33   1.30   1.28   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27   1.27

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    32_A      E    32_A
#   possible swapping detected:  E    56_A      E    56_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.393     0    0.080   0.108     1.801   81.548   78.274
LGA    I    30_A      I    30_A     0.759     0    0.009   0.171     0.991   90.476   91.667
LGA    D    31_A      D    31_A     0.679     0    0.096   0.393     1.339   92.857   90.536
LGA    E    32_A      E    32_A     0.793     0    0.052   0.301     1.811   90.476   88.571
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LGA    P    42_A      P    42_A     0.109     0    0.054   0.086     0.286  100.000  100.000
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LGA    P   107_A      P   107_A     0.884     0    0.149   0.164     1.151   88.214   86.599
LGA    E   108_A      E   108_A     1.274     0    0.037   0.451     2.930   81.429   74.974
LGA    D   109_A      D   109_A     0.998     0    0.159   0.480     1.824   81.548   83.750
LGA    Q   110_A      Q   110_A     0.776     0    0.154   0.792     1.815   92.857   86.561
LGA    Y   111_A      Y   111_A     0.662     0    0.039   0.186     0.810   92.857   94.444
LGA    K   112_A      K   112_A     0.796     0    0.027   0.644     1.651   90.476   85.503
LGA    E   113_A      E   113_A     0.761     0    0.029   0.515     3.728   90.476   78.466
LGA    N   114_A      N   114_A     0.384     0    0.016   0.118     0.827  100.000   96.429
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.281     0    0.113   0.150     1.010   97.619   92.103
LGA    E   116_A      E   116_A     0.367     0    0.023   0.134     1.210  100.000   93.704
LGA    T   117_A      T   117_A     0.500     0    0.041   0.998     2.517   92.857   84.558
LGA    F   118_A      F   118_A     0.637     0    0.028   0.098     0.929   90.476   90.476
LGA    L   119_A      L   119_A     0.679     0    0.054   0.056     0.709   90.476   90.476
LGA    A   120_A      A   120_A     0.716     0    0.125   0.136     0.738   90.476   90.476
LGA    A   121_A      A   121_A     0.800     0    0.631   0.572     2.012   79.643   83.714

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.274          1.280                  1.595           86.923   82.530

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.27    92.742    96.661     6.767

LGA_LOCAL      RMSD:   1.274  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.274  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.274  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =  -0.232188 * X  +   0.303705 * Y  +   0.924041 * Z  +  17.761770
  Y_new =   0.084589 * X  +   0.952709 * Y  +  -0.291872 * Z  +  -3.652971
  Z_new =  -0.968986 * X  +   0.010394 * Y  +  -0.246898 * Z  +  10.753510 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  2.792226  1.321093  3.099518   [DEG:  159.9827   75.6930  177.5893 ]
ZXZ:  1.264849  1.820274 -1.560070   [DEG:   72.4705  104.2940  -89.3854 ]
 
# END of job
