
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.36     1.36
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.36     1.36
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    45      29_A - 73_A        0.99     1.71
  LCS_AVERAGE:     43.18

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     45   93   93     23   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     45   93   93     26   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     45   93   93     29   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     45   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     45   93   93      3   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     45   93   93      3   43   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     45   93   93      3   43   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     45   93   93     13   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     45   93   93     13   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     45   93   93     13   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     45   93   93     13   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     45   93   93     19   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     45   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     45   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     45   93   93     23   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     45   93   93     22   51   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     45   93   93     13   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     45   93   93     13   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     45   93   93     13   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     45   93   93      9   47   68   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     45   93   93     13   47   68   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     45   93   93     13   23   62   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     45   93   93      9   23   62   83   88   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     45   93   93      7   47   70   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     45   93   93      4   13   68   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     45   93   93      4   16   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     45   93   93      4   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     40   93   93     12   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     40   93   93     11   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     40   93   93     11   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     40   93   93     21   48   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     40   93   93     21   51   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     40   93   93     28   52   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     40   93   93     30   52   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     40   93   93     21   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     40   93   93     21   50   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     40   93   93     30   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     40   93   93     19   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     40   93   93      7   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     40   93   93     12   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     40   93   93     14   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     40   93   93     12   30   71   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     40   93   93     12   43   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     40   93   93     12   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     40   93   93     12   53   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     40   93   93     12   53   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     40   93   93     12   47   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     40   93   93     12   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     40   93   93     22   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     40   93   93     14   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     40   93   93     12   55   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     37   93   93      7   11   13   54   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     17   93   93      7   11   39   60   86   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     17   93   93     21   46   61   82   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     17   93   93     30   54   73   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     17   93   93      7   21   49   82   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     17   93   93      6   31   52   69   89   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     17   93   93      9   45   62   82   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     17   93   93     21   46   69   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     17   93   93      7   35   52   76   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     17   93   93      3   20   52   76   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  81.06  (  43.18  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     30     55     73     83     90     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  32.26  59.14  78.49  89.25  96.77 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.30   0.70   0.93   1.09   1.27   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36
GDT RMS_ALL_AT   1.66   1.48   1.42   1.40   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36   1.36

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    35_A      E    35_A
#   possible swapping detected:  Y    43_A      Y    43_A
#   possible swapping detected:  E    56_A      E    56_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E    94_A      E    94_A
#   possible swapping detected:  Y    97_A      Y    97_A
#   possible swapping detected:  Y   105_A      Y   105_A
#   possible swapping detected:  E   108_A      E   108_A
#   possible swapping detected:  Y   111_A      Y   111_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A
#   possible swapping detected:  E   116_A      E   116_A
#   possible swapping detected:  F   118_A      F   118_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.082     0    0.146   0.234     2.162   88.214   78.512
LGA    I    30_A      I    30_A     0.740     0    0.017   0.159     0.982   92.857   91.667
LGA    D    31_A      D    31_A     0.958     0    0.062   0.200     2.006   90.476   80.714
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LGA    I    33_A      I    33_A     0.762     0    0.019   0.185     0.999   90.476   90.476
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LGA    V    41_A      V    41_A     0.146     0    0.033   0.060     0.346  100.000  100.000
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LGA    K   104_A      K   104_A     0.947     0    0.043   0.863     3.980   83.690   79.206
LGA    Y   105_A      Y   105_A     1.286     0    0.094   0.183     1.474   81.429   85.198
LGA    D   106_A      D   106_A     1.418     0    0.064   0.169     1.482   81.429   81.429
LGA    P   107_A      P   107_A     1.459     0    0.107   0.114     1.625   79.286   77.755
LGA    E   108_A      E   108_A     1.075     0    0.155   0.483     1.836   79.286   83.545
LGA    D   109_A      D   109_A     1.045     0    0.104   0.681     3.278   81.548   75.417
LGA    Q   110_A      Q   110_A     1.502     0    0.090   0.979     4.240   79.286   69.206
LGA    Y   111_A      Y   111_A     1.138     0    0.189   0.299     2.671   83.690   75.238
LGA    K   112_A      K   112_A     2.534     0    0.009   0.588     6.569   62.857   43.228
LGA    E   113_A      E   113_A     3.001     0    0.033   0.713     7.394   55.357   35.397
LGA    N   114_A      N   114_A     2.088     0    0.058   0.112     3.277   68.810   63.036
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.698     0    0.118   1.086    10.493   88.214   49.325
LGA    E   116_A      E   116_A     2.114     0    0.017   0.581     4.011   66.786   58.413
LGA    T   117_A      T   117_A     2.782     0    0.041   0.976     4.377   57.262   55.442
LGA    F   118_A      F   118_A     2.071     0    0.025   1.182     6.921   68.810   49.913
LGA    L   119_A      L   119_A     1.518     0    0.162   0.175     1.671   75.000   78.214
LGA    A   120_A      A   120_A     2.532     0    0.215   0.224     3.034   57.262   57.238
LGA    A   121_A      A   121_A     2.834     0    0.101   0.103     2.916   57.143   57.143

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.356          1.351                  2.035           83.322   77.008

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.36    87.097    94.204     6.389

LGA_LOCAL      RMSD:   1.356  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.356  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.356  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =   0.815313 * X  +  -0.579007 * Y  +   0.003924 * Z  +   9.187430
  Y_new =   0.273423 * X  +   0.379021 * Y  +  -0.884072 * Z  +  -3.696015
  Z_new =   0.510397 * X  +   0.721868 * Y  +   0.467334 * Z  +  -5.688881 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  0.323573 -0.535646  0.996254   [DEG:   18.5394  -30.6903   57.0812 ]
ZXZ:  0.004439  1.084523  0.615442   [DEG:    0.2543   62.1386   35.2622 ]
 
# END of job
