
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.29     1.29
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.29     1.29
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    84      29_A - 112_A       0.99     1.37
  LCS_AVERAGE:     82.83

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     84   93   93     23   61   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     84   93   93     11   54   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     84   93   93     11   54   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     84   93   93     26   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     84   93   93     28   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     84   93   93     28   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     84   93   93     27   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     84   93   93     28   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     84   93   93     15   55   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     84   93   93     15   50   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     84   93   93     15   50   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     84   93   93     15   55   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     84   93   93     15   46   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     84   93   93     10   46   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     84   93   93     10   24   72   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     84   93   93     10   26   71   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     84   93   93      5   48   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     84   93   93      5    6   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     84   93   93      7   13   75   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     84   93   93      7   38   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     84   93   93     17   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     84   93   93     12   62   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     84   93   93     25   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     84   93   93     23   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     84   93   93     15   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     84   93   93     28   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     84   93   93     37   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     84   93   93     31   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     84   93   93     27   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     84   93   93     27   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     84   93   93     10   42   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     84   93   93     14   54   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     84   93   93     21   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     84   93   93     15   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     84   93   93     26   63   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     84   93   93     21   59   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     84   93   93     21   59   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     84   93   93      5   11   14   35   84   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     12   93   93      6   11   12   36   79   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     12   93   93      9   45   62   82   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     12   93   93     12   62   77   84   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     12   93   93      6   16   62   81   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     12   93   93      6   17   62   75   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     12   93   93      7   25   66   82   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     12   93   93      8   38   72   83   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     12   93   93      6   21   62   79   89   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     12   93   93      3   18   35   61   86   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  94.28  (  82.83  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     37     63     77     84     89     92     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  39.78  67.74  82.80  90.32  95.70  98.92 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.33   0.65   0.82   0.94   1.11   1.24   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29
GDT RMS_ALL_AT   1.47   1.31   1.33   1.36   1.30   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29   1.29

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    35_A      E    35_A
#   possible swapping detected:  Y    43_A      Y    43_A
#   possible swapping detected:  E    56_A      E    56_A
#   possible swapping detected:  E    59_A      E    59_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E    94_A      E    94_A
#   possible swapping detected:  E    96_A      E    96_A
#   possible swapping detected:  Y    97_A      Y    97_A
#   possible swapping detected:  Y   105_A      Y   105_A
#   possible swapping detected:  E   108_A      E   108_A
#   possible swapping detected:  Y   111_A      Y   111_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A
#   possible swapping detected:  E   116_A      E   116_A
#   possible swapping detected:  F   118_A      F   118_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
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LGA    A   103_A      A   103_A     1.445     0    0.012   0.012     1.449   81.429   81.429
LGA    K   104_A      K   104_A     0.926     0    0.048   0.873     3.946   85.952   80.212
LGA    Y   105_A      Y   105_A     1.231     0    0.024   0.093     1.714   81.429   80.000
LGA    D   106_A      D   106_A     1.341     0    0.042   0.160     1.414   81.429   81.429
LGA    P   107_A      P   107_A     1.217     0    0.106   0.111     1.286   81.429   81.429
LGA    E   108_A      E   108_A     0.938     0    0.157   0.474     2.088   83.690   83.598
LGA    D   109_A      D   109_A     0.953     0    0.101   0.649     2.380   83.810   80.536
LGA    Q   110_A      Q   110_A     1.481     0    0.100   0.986     4.378   81.429   71.164
LGA    Y   111_A      Y   111_A     1.340     0    0.219   0.351     2.920   81.548   72.460
LGA    K   112_A      K   112_A     2.980     0    0.019   0.573     5.219   57.143   46.296
LGA    E   113_A      E   113_A     3.447     0    0.052   0.703     8.345   53.571   31.534
LGA    N   114_A      N   114_A     2.231     0    0.069   0.104     3.415   66.786   62.024
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.929     0    0.119   1.077    10.941   85.952   47.738
LGA    E   116_A      E   116_A     2.161     0    0.021   0.943     3.260   66.786   61.481
LGA    T   117_A      T   117_A     2.794     0    0.038   0.978     4.443   57.262   55.442
LGA    F   118_A      F   118_A     2.158     0    0.039   1.189     6.778   64.762   47.706
LGA    L   119_A      L   119_A     1.724     0    0.146   0.156     1.855   72.857   75.000
LGA    A   120_A      A   120_A     2.734     0    0.203   0.211     3.326   55.476   55.810
LGA    A   121_A      A   121_A     3.394     0    0.100   0.101     3.522   48.333   48.667

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.286          1.286                  1.972           85.518   79.064

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.29    89.516    95.142     6.712

LGA_LOCAL      RMSD:   1.286  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.286  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.286  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =   0.733014 * X  +  -0.329118 * Y  +   0.595291 * Z  +   9.927919
  Y_new =   0.679854 * X  +   0.326011 * Y  +  -0.656899 * Z  +  -6.089912
  Z_new =   0.022126 * X  +   0.886227 * Y  +   0.462723 * Z  +  -4.686159 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  0.747790 -0.022128  1.089604   [DEG:   42.8452   -1.2678   62.4297 ]
ZXZ:  0.736238  1.089732  0.024961   [DEG:   42.1833   62.4370    1.4302 ]
 
# END of job
