
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.22     1.22
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.22     1.22
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    85      29_A - 113_A       0.99     1.28
  LCS_AVERAGE:     84.65

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     85   93   93     34   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     85   93   93     33   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     85   93   93     30   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     85   93   93     34   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     85   93   93     32   65   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     85   93   93     32   65   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     85   93   93     18   65   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     85   93   93     18   65   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     85   93   93     18   55   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     85   93   93      9   55   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     85   93   93      9   25   69   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     85   93   93      9   25   67   84   88   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     85   93   93      4   54   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     85   93   93      4   47   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     85   93   93     10   36   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     85   93   93     10   63   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     85   93   93     16   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     85   93   93     16   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     85   93   93     25   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     85   93   93     26   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     85   93   93     10   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     85   93   93     25   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     85   93   93     31   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     85   93   93     33   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     85   93   93     33   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     85   93   93     26   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     85   93   93     17   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     85   93   93     36   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     85   93   93     32   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     85   93   93     11   57   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     85   93   93     23   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     85   93   93     29   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     85   93   93     23   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     85   93   93     23   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     85   93   93     23   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     85   93   93     27   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     85   93   93     29   68   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     85   93   93      4   59   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     85   93   93      6   67   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     85   93   93      5   10   16   63   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     85   93   93      6   10   56   68   87   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     12   93   93     13   41   61   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     12   93   93     12   66   80   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     12   93   93      6   17   56   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     12   93   93      6   21   56   77   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     12   93   93     12   33   75   83   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     12   93   93     13   41   76   84   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     12   93   93      7   24   56   81   90   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     12   93   93      3   19   40   77   87   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  94.88  (  84.65  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     36     68     80     84     90     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  38.71  73.12  86.02  90.32  96.77 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.34   0.64   0.78   0.87   1.11   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22
GDT RMS_ALL_AT   1.34   1.25   1.27   1.31   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22   1.22

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    35_A      E    35_A
#   possible swapping detected:  Y    43_A      Y    43_A
#   possible swapping detected:  E    56_A      E    56_A
#   possible swapping detected:  E    59_A      E    59_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E    94_A      E    94_A
#   possible swapping detected:  Y    97_A      Y    97_A
#   possible swapping detected:  Y   105_A      Y   105_A
#   possible swapping detected:  E   108_A      E   108_A
#   possible swapping detected:  Y   111_A      Y   111_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A
#   possible swapping detected:  E   116_A      E   116_A
#   possible swapping detected:  F   118_A      F   118_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
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LGA    I    33_A      I    33_A     0.657     0    0.012   0.187     0.899   90.476   90.476
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LGA    P    42_A      P    42_A     0.286     0    0.035   0.297     0.769  100.000   98.639
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LGA    K   104_A      K   104_A     0.587     0    0.055   0.689     2.875   90.476   87.831
LGA    Y   105_A      Y   105_A     0.975     0    0.063   0.129     1.190   85.952   89.008
LGA    D   106_A      D   106_A     1.170     0    0.070   0.177     1.308   81.429   82.560
LGA    P   107_A      P   107_A     1.163     0    0.103   0.110     1.320   81.429   81.429
LGA    E   108_A      E   108_A     0.909     0    0.159   0.480     1.866   81.548   85.608
LGA    D   109_A      D   109_A     1.049     0    0.104   0.678     3.133   81.548   74.345
LGA    Q   110_A      Q   110_A     1.482     0    0.098   0.985     4.552   81.429   69.524
LGA    Y   111_A      Y   111_A     1.136     0    0.166   0.308     3.198   83.690   71.310
LGA    K   112_A      K   112_A     2.540     0    0.013   0.591     6.352   59.048   42.487
LGA    E   113_A      E   113_A     3.192     0    0.018   0.720     7.567   53.571   33.915
LGA    N   114_A      N   114_A     2.236     0    0.049   0.077     3.324   66.786   62.024
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.924     0    0.106   1.093    10.782   85.952   48.571
LGA    E   116_A      E   116_A     2.269     0    0.024   0.552     3.915   64.881   57.460
LGA    T   117_A      T   117_A     2.856     0    0.040   0.982     4.468   55.357   52.245
LGA    F   118_A      F   118_A     2.095     0    0.029   1.182     6.700   66.786   49.827
LGA    L   119_A      L   119_A     1.690     0    0.160   0.167     1.812   72.857   75.000
LGA    A   120_A      A   120_A     2.754     0    0.204   0.211     3.299   57.262   57.238
LGA    A   121_A      A   121_A     3.264     0    0.094   0.096     3.347   51.786   51.429

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.221          1.227                  1.908           86.431   80.165

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.22    90.860    95.944     7.042

LGA_LOCAL      RMSD:   1.221  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.221  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.221  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =   0.306438 * X  +  -0.060283 * Y  +   0.949980 * Z  +   9.974275
  Y_new =   0.943476 * X  +   0.151637 * Y  +  -0.294718 * Z  +  -6.698626
  Z_new =  -0.126285 * X  +   0.986596 * Y  +   0.103343 * Z  +  -4.924250 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  1.256748  0.126624  1.466429   [DEG:   72.0064    7.2550   84.0202 ]
ZXZ:  1.269976  1.467268 -0.127309   [DEG:   72.7642   84.0683   -7.2943 ]
 
# END of job
