
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.31     1.31
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.31     1.31
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    55      67_A - 121_A       0.99     1.53
  LCS_AVERAGE:     49.84

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     34   93   93     15   58   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     34   93   93     24   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     34   93   93     24   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     34   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     34   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     34   93   93     32   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     34   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     34   93   93     30   64   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     34   93   93     30   64   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     34   93   93     25   52   78   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     34   93   93     19   45   63   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     34   93   93     11   34   54   79   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     34   93   93     11   33   54   80   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     34   93   93     11   19   40   58   83   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     33   93   93      8   16   27   45   67   85   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     33   93   93      7   24   42   61   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     32   93   93      7    8   41   78   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     32   93   93      7   10   45   64   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     55   93   93      7   26   46   64   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     55   93   93      7   22   57   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     55   93   93     10   24   66   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     55   93   93     11   42   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     55   93   93     22   56   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     55   93   93     22   58   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     55   93   93     24   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     55   93   93     11   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     55   93   93     23   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     55   93   93     13   58   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     55   93   93     13   58   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     55   93   93     18   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     55   93   93     13   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     55   93   93     13   42   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     55   93   93     13   42   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     55   93   93     24   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     55   93   93     25   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     55   93   93     13   64   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     55   93   93     13   64   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     55   93   93     17   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     55   93   93     34   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     55   93   93     33   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     55   93   93     25   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     55   93   93     14   61   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     55   93   93     22   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     55   93   93     12   57   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     55   93   93     24   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     55   93   93     33   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     55   93   93     33   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     55   93   93     33   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     55   93   93     27   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     55   93   93     26   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     55   93   93     32   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     55   93   93     27   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     55   93   93     12   66   80   85   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  83.28  (  49.84  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     34     66     80     85     91     92     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  36.56  70.97  86.02  91.40  97.85  98.92 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.31   0.67   0.81   0.94   1.19   1.24   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31
GDT RMS_ALL_AT   1.50   1.35   1.37   1.35   1.32   1.32   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31   1.31

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  D    31_A      D    31_A
#   possible swapping detected:  E    32_A      E    32_A
#   possible swapping detected:  Y    43_A      Y    43_A
#   possible swapping detected:  D    49_A      D    49_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  Y    97_A      Y    97_A
#   possible swapping detected:  Y   105_A      Y   105_A
#   possible swapping detected:  D   106_A      D   106_A
#   possible swapping detected:  D   109_A      D   109_A
#   possible swapping detected:  Y   111_A      Y   111_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A
#   possible swapping detected:  Y   115_A      Y   115_A
#   possible swapping detected:  F   118_A      F   118_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.455     0    0.090   0.091     1.564   79.286   79.286
LGA    I    30_A      I    30_A     1.039     0    0.039   0.792     2.955   85.952   82.917
LGA    D    31_A      D    31_A     0.983     0    0.027   0.155     1.198   90.476   85.952
LGA    E    32_A      E    32_A     0.742     0    0.042   0.286     1.567   90.476   89.577
LGA    I    33_A      I    33_A     0.769     0    0.023   0.156     1.295   90.476   89.345
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LGA    V    41_A      V    41_A     0.398     0    0.041   0.083     0.605  100.000   97.279
LGA    P    42_A      P    42_A     0.205     0    0.009   0.048     0.289  100.000  100.000
LGA    Y    43_A      Y    43_A     0.342     0    0.027   0.193     0.718  100.000   97.619
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LGA    K    45_A      K    45_A     0.337     0    0.042   0.101     0.636   97.619   95.767
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LGA    T    54_A      T    54_A     0.590     0    0.029   0.103     0.804   90.476   91.837
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LGA    G    57_A      G    57_A     0.863     0    0.040   0.040     1.454   85.952   85.952
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LGA    H    63_A      H    63_A     4.311     0    0.165   0.217     5.853   41.786   31.524
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LGA    K    78_A      K    78_A     1.398     4    0.042   0.048     1.624   81.429   44.286
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LGA    K   104_A      K   104_A     0.677     0    0.020   0.622     3.450   92.857   86.085
LGA    Y   105_A      Y   105_A     0.829     0    0.034   0.150     1.122   90.476   87.460
LGA    D   106_A      D   106_A     0.478     0    0.052   0.127     0.807   97.619   95.238
LGA    P   107_A      P   107_A     0.650     0    0.058   0.081     0.854   92.857   91.837
LGA    E   108_A      E   108_A     0.788     0    0.054   0.510     2.907   90.476   82.804
LGA    D   109_A      D   109_A     0.803     0    0.097   0.665     1.580   83.810   83.750
LGA    Q   110_A      Q   110_A     1.021     0    0.152   0.923     2.354   90.595   83.651
LGA    Y   111_A      Y   111_A     0.812     0    0.020   0.153     0.967   90.476   90.476
LGA    K   112_A      K   112_A     1.079     0    0.006   0.754     1.551   85.952   82.487
LGA    E   113_A      E   113_A     0.877     0    0.000   0.520     3.410   90.476   79.206
LGA    N   114_A      N   114_A     0.237     0    0.010   0.118     0.813  100.000   98.810
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.496     0    0.029   0.140     1.408  100.000   89.881
LGA    E   116_A      E   116_A     0.485     0    0.013   0.375     2.099   97.619   90.847
LGA    T   117_A      T   117_A     0.680     0    0.040   0.962     2.469   92.857   86.871
LGA    F   118_A      F   118_A     0.718     0    0.000   0.051     1.131   90.476   88.009
LGA    L   119_A      L   119_A     0.280     0    0.034   0.042     0.517  100.000   97.619
LGA    A   120_A      A   120_A     0.691     0    0.114   0.120     0.980   92.857   92.381
LGA    A   121_A      A   121_A     1.169     0    0.665   0.608     2.320   77.381   80.000

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.314          1.321                  1.653           85.861   81.455

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.31    90.591    95.855     6.576

LGA_LOCAL      RMSD:   1.314  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.314  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.314  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =  -0.311398 * X  +  -0.861210 * Y  +   0.401681 * Z  +  15.653195
  Y_new =   0.934817 * X  +  -0.353561 * Y  +  -0.033335 * Z  +  -4.487385
  Z_new =   0.170727 * X  +   0.365118 * Y  +   0.915173 * Z  +  12.871594 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  1.892347 -0.171568  0.379610   [DEG:  108.4235   -9.8301   21.7501 ]
ZXZ:  1.487997  0.414860  0.437389   [DEG:   85.2559   23.7697   25.0606 ]
 
# END of job
