
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.26     1.26
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.26     1.26
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    55      67_A - 121_A       0.92     1.41
  LCS_AVERAGE:     49.83

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     34   93   93     13   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     34   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     34   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     34   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     34   93   93     36   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     34   93   93     36   68   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     34   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     34   93   93     29   72   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     34   93   93     26   72   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     34   93   93     18   53   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     34   93   93     10   43   65   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     34   93   93      9   32   58   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     34   93   93     10   35   59   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     34   93   93      7   22   39   56   87   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     34   93   93      7   16   25   47   66   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     33   93   93      9   22   37   56   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     31   93   93      7    7   23   60   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     31   93   93      7    7   33   57   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     55   93   93      7   22   41   64   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     55   93   93      7   19   57   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     55   93   93      9   19   61   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     55   93   93     12   44   80   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     55   93   93     30   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     55   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     55   93   93     12   63   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     55   93   93     12   65   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     55   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     55   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     55   93   93     14   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     55   93   93     24   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     55   93   93     24   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     55   93   93     34   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     55   93   93     38   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     55   93   93     24   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     55   93   93     18   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     55   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     55   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     55   93   93     35   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     55   93   93     16   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     55   93   93     25   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     55   93   93     20   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     55   93   93     30   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     55   93   93     40   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     55   93   93     41   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     55   93   93     18   74   81   87   91   92   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  83.28  (  49.83  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     41     74     81     87     91     92     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  44.09  79.57  87.10  93.55  97.85  98.92 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.34   0.60   0.69   0.92   1.14   1.19   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26
GDT RMS_ALL_AT   1.36   1.34   1.32   1.29   1.27   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    32_A      E    32_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E    96_A      E    96_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.379     0    0.075   0.120     1.711   83.690   81.488
LGA    I    30_A      I    30_A     0.845     0    0.045   0.765     2.818   90.476   86.310
LGA    D    31_A      D    31_A     0.808     0    0.079   0.313     1.203   90.476   89.345
LGA    E    32_A      E    32_A     0.833     0    0.038   0.271     1.740   90.476   87.513
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LGA    V    41_A      V    41_A     0.289     0    0.030   0.043     0.483  100.000  100.000
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LGA    K    61_A      K    61_A     2.016     0    0.048   0.596     3.768   60.952   65.238
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LGA    A    67_A      A    67_A     3.306     0    0.063   0.073     3.663   51.786   50.095
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LGA    K    81_A      K    81_A     0.913     4    0.053   0.060     0.920   90.476   50.265
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LGA    P   107_A      P   107_A     0.799     0    0.114   0.144     1.002   90.476   89.184
LGA    E   108_A      E   108_A     1.050     0    0.034   0.446     2.721   85.952   80.794
LGA    D   109_A      D   109_A     0.934     0    0.167   0.543     1.804   83.810   86.012
LGA    Q   110_A      Q   110_A     0.810     0    0.143   0.822     1.803   92.857   86.561
LGA    Y   111_A      Y   111_A     0.605     0    0.012   0.216     0.931   95.238   92.857
LGA    K   112_A      K   112_A     0.672     0    0.026   0.645     1.505   90.476   85.503
LGA    E   113_A      E   113_A     0.706     0    0.011   0.736     4.174   90.476   69.577
LGA    N   114_A      N   114_A     0.439     0    0.021   0.127     0.807   97.619   95.238
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.240     0    0.065   0.092     0.929  100.000   96.032
LGA    E   116_A      E   116_A     0.529     0    0.025   0.225     1.207   92.857   90.529
LGA    T   117_A      T   117_A     0.755     0    0.060   0.940     2.520   88.214   81.905
LGA    F   118_A      F   118_A     0.744     0    0.026   0.118     0.859   90.476   90.476
LGA    L   119_A      L   119_A     0.706     0    0.019   0.024     0.901   90.476   92.857
LGA    A   120_A      A   120_A     1.032     0    0.154   0.167     1.252   83.690   85.048
LGA    A   121_A      A   121_A     1.264     0    0.644   0.587     2.430   75.119   78.190

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.263          1.279                  1.606           87.015   82.862

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.26    93.280    96.765     6.824

LGA_LOCAL      RMSD:   1.263  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.263  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.263  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =  -0.904575 * X  +   0.406652 * Y  +   0.127975 * Z  +  15.536483
  Y_new =   0.399930 * X  +   0.705493 * Y  +   0.585095 * Z  +  -3.925103
  Z_new =   0.147644 * X  +   0.580443 * Y  +  -0.800804 * Z  +  13.162851 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ:  2.725312 -0.148186  2.514399   [DEG:  156.1488   -8.4904  144.0644 ]
ZXZ:  2.926258  2.499432  0.249082   [DEG:  167.6623  143.2069   14.2714 ]
 
# END of job
