
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.24     1.24
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.24     1.24
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    55      67_A - 121_A       0.92     1.38
  LCS_AVERAGE:     49.80

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     34   93   93     14   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     34   93   93     21   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     34   93   93     21   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     34   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     34   93   93     25   74   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     34   93   93     25   75   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     34   93   93     20   58   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     34   93   93     10   41   62   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     34   93   93     10   30   61   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     34   93   93     10   32   61   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     34   93   93     10   18   37   58   89   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     33   93   93      7   15   23   46   67   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     33   93   93     10   21   37   56   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     30   93   93      7    7   23   65   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     30   93   93      7    7   34   59   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     55   93   93      7   21   39   63   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     55   93   93      7   21   65   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     55   93   93     10   23   65   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     55   93   93     12   44   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     55   93   93     34   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     55   93   93     24   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     55   93   93     13   63   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     55   93   93     19   67   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     55   93   93     20   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     55   93   93     24   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     55   93   93     12   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     55   93   93     22   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     55   93   93     22   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     55   93   93     34   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     55   93   93     34   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     55   93   93     22   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     55   93   93     16   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     55   93   93     22   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     55   93   93     22   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     55   93   93     19   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     55   93   93     28   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     55   93   93     30   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     55   93   93     40   76   82   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  83.27  (  49.80  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     40     76     82     87     91     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  43.01  81.72  88.17  93.55  97.85 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.30   0.59   0.69   0.89   1.12   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24
GDT RMS_ALL_AT   1.31   1.31   1.30   1.27   1.25   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24   1.24

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    32_A      E    32_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E    96_A      E    96_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.348     0    0.083   0.120     1.889   83.690   79.345
LGA    I    30_A      I    30_A     0.885     0    0.039   0.732     2.723   90.476   85.179
LGA    D    31_A      D    31_A     0.868     0    0.086   0.330     1.301   90.476   89.345
LGA    E    32_A      E    32_A     0.819     0    0.042   0.257     1.593   90.476   88.519
LGA    I    33_A      I    33_A     0.659     0    0.025   0.173     1.189   92.857   90.536
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LGA    P    42_A      P    42_A     0.174     0    0.055   0.075     0.233  100.000  100.000
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LGA    C    46_A      C    46_A     0.714     0    0.018   0.039     0.861   90.476   90.476
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LGA    Q    50_A      Q    50_A     0.801     0    0.099   0.121     0.878   90.476   90.476
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LGA    T    54_A      T    54_A     0.349     0    0.025   0.064     0.647   97.619   97.279
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LGA    K    81_A      K    81_A     0.889     4    0.045   0.047     0.905   90.476   50.265
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LGA    P   107_A      P   107_A     0.825     0    0.108   0.141     1.028   90.476   89.184
LGA    E   108_A      E   108_A     1.044     0    0.034   0.400     2.505   85.952   79.841
LGA    D   109_A      D   109_A     0.923     0    0.181   0.528     1.824   83.810   86.012
LGA    Q   110_A      Q   110_A     0.742     0    0.144   0.840     1.981   95.238   87.619
LGA    Y   111_A      Y   111_A     0.606     0    0.021   0.216     0.841   92.857   93.651
LGA    K   112_A      K   112_A     0.685     0    0.024   0.639     1.681   90.476   85.503
LGA    E   113_A      E   113_A     0.673     0    0.017   0.534     3.883   92.857   79.524
LGA    N   114_A      N   114_A     0.378     0    0.015   0.145     0.870  100.000   96.429
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.215     0    0.069   0.104     1.025  100.000   94.484
LGA    E   116_A      E   116_A     0.438     0    0.025   0.166     1.111   95.238   91.587
LGA    T   117_A      T   117_A     0.657     0    0.062   0.940     2.509   90.476   83.197
LGA    F   118_A      F   118_A     0.644     0    0.033   0.085     0.865   90.476   90.476
LGA    L   119_A      L   119_A     0.513     0    0.016   0.028     0.651   90.476   95.238
LGA    A   120_A      A   120_A     0.767     0    0.114   0.127     1.058   88.214   88.667
LGA    A   121_A      A   121_A     0.967     0    0.649   0.597     2.380   79.643   81.810

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.242          1.258                  1.558           87.158   83.095

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.24    93.817    97.081     6.929

LGA_LOCAL      RMSD:   1.242  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.242  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.242  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =  -0.760981 * X  +  -0.632998 * Y  +  -0.142201 * Z  +  16.115156
  Y_new =  -0.628681 * X  +   0.773608 * Y  +  -0.079313 * Z  +  -4.126720
  Z_new =   0.160213 * X  +   0.029043 * Y  +  -0.986655 * Z  +  13.529316 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ: -2.451112 -0.160907  3.112165   [DEG: -140.4383   -9.2193  178.3139 ]
ZXZ: -1.062019  2.978040  1.391466   [DEG:  -60.8492  170.6291   79.7251 ]
 
# END of job
