
#######################################################
#                                                     #
#                        LGA                          #
#                  ---------------                    #
#                                                     #
#               Local-Global Alignment                #
#        A Method for Finding 3-D Similarities        #
#               in Protein Structures                 #
#                                                     #
#                  ------------ 10/2009               #
#                                                     #
#      Adam Zemla (adamz@llnl.gov)                    #
#      Lawrence Livermore National Laboratory, CA     #
#                                                     #
#######################################################

!!!   License for LGA program has expired  !!!
#   For updated version of the LGA program   #
# please contact Adam Zemla:  adamz@llnl.gov #

# Molecule1: number of CA atoms  123 ( 1008),  selected   93 , name one
# Molecule2: number of CA atoms   93 (  756),  selected   93 , name two
# PARAMETERS: input.pdb  -ie  -3  -d:4  -sda  -swap  -ch1:A  -ch2:A  
# FIXED Atom-Atom correspondence
# GDT and LCS analysis 

LCS - RMSD CUTOFF   5.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.26     1.26
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   2.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    93      29_A - 121_A       1.26     1.26
  LCS_AVERAGE:    100.00

LCS - RMSD CUTOFF   1.00      length       segment         l_RMS    g_RMS
  LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT:    55      67_A - 121_A       0.92     1.41
  LCS_AVERAGE:     49.88

LCS_GDT    MOLECULE-1    MOLECULE-2     LCS_DETAILS     GDT_DETAILS                                                    TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS:   93
LCS_GDT     RESIDUE       RESIDUE       SEGMENT_SIZE    GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair
LCS_GDT   NAME NUMBER   NAME NUMBER    1.0  2.0  5.0    0.5  1.0  1.5  2.0  2.5  3.0  3.5  4.0  4.5  5.0  5.5  6.0  6.5  7.0  7.5  8.0  8.5  9.0  9.5 10.0
LCS_GDT     N    29_A     N    29_A     34   93   93     13   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    30_A     I    30_A     34   93   93     18   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    31_A     D    31_A     34   93   93     37   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    32_A     E    32_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    33_A     I    33_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    34_A     I    34_A     34   93   93     37   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    35_A     E    35_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N    36_A     N    36_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    37_A     R    37_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    38_A     K    38_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    39_A     L    39_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    40_A     L    40_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    41_A     V    41_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    42_A     P    42_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    43_A     Y    43_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    44_A     I    44_A     34   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    45_A     K    45_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    46_A     C    46_A     34   93   93     33   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    47_A     T    47_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    48_A     L    48_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    49_A     D    49_A     34   93   93     33   63   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    50_A     Q    50_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    51_A     G    51_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    52_A     R    52_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    53_A     C    53_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    54_A     T    54_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P    55_A     P    55_A     34   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    56_A     E    56_A     34   93   93     30   70   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    57_A     G    57_A     34   93   93     26   71   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    58_A     R    58_A     34   93   93     22   53   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    59_A     E    59_A     34   93   93     11   43   68   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L    60_A     L    60_A     34   93   93     11   33   61   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    61_A     K    61_A     34   93   93     11   34   61   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    62_A     A    62_A     34   93   93     11   21   40   57   89   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    63_A     H    63_A     34   93   93      7   18   25   47   70   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    64_A     I    64_A     34   93   93     11   22   40   59   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    65_A     K    65_A     33   93   93      7    7   22   71   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D    66_A     D    66_A     32   93   93      7    7   34   60   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    67_A     A    67_A     55   93   93      7   23   41   64   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     M    68_A     M    68_A     55   93   93      7   22   54   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    69_A     Q    69_A     55   93   93      8   22   57   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    70_A     T    70_A     55   93   93     10   47   79   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    71_A     S    71_A     55   93   93     37   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    72_A     C    72_A     55   93   93     33   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     S    73_A     S    73_A     55   93   93     12   65   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    74_A     K    74_A     55   93   93     21   67   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     C    75_A     C    75_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T    76_A     T    76_A     55   93   93     10   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    77_A     E    77_A     55   93   93     16   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    78_A     K    78_A     55   93   93     13   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    79_A     Q    79_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    80_A     K    80_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    81_A     K    81_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     G    82_A     G    82_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    83_A     A    83_A     55   93   93     19   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    84_A     R    84_A     55   93   93     19   73   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    85_A     K    85_A     55   93   93     32   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    86_A     V    86_A     55   93   93     34   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     V    87_A     V    87_A     55   93   93     19   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    88_A     R    88_A     55   93   93     19   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     H    89_A     H    89_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I    90_A     I    90_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     R    91_A     R    91_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A    92_A     A    92_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    93_A     K    93_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    94_A     E    94_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q    95_A     Q    95_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E    96_A     E    96_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y    97_A     Y    97_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     W    98_A     W    98_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K    99_A     K    99_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   100_A     Q   100_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     I   101_A     I   101_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   102_A     L   102_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   103_A     A   103_A     55   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   104_A     K   104_A     55   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   105_A     Y   105_A     55   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   106_A     D   106_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     P   107_A     P   107_A     55   93   93     15   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   108_A     E   108_A     55   93   93     13   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     D   109_A     D   109_A     55   93   93      9   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Q   110_A     Q   110_A     55   93   93     21   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   111_A     Y   111_A     55   93   93     25   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     K   112_A     K   112_A     55   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   113_A     E   113_A     55   93   93     36   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     N   114_A     N   114_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     Y   115_A     Y   115_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     E   116_A     E   116_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     T   117_A     T   117_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     F   118_A     F   118_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     L   119_A     L   119_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   120_A     A   120_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_GDT     A   121_A     A   121_A     55   93   93     38   74   81   87   91   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93   93 
LCS_AVERAGE  LCS_A:  83.29  (  49.88  100.00  100.00 )

GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds)
GDT DIST_CUTOFF  0.50   1.00   1.50   2.00   2.50   3.00   3.50   4.00   4.50   5.00   5.50   6.00   6.50   7.00   7.50   8.00   8.50   9.00   9.50  10.00
GDT NUMBER_AT     38     74     81     87     91     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93     93 
GDT PERCENT_AT  40.86  79.57  87.10  93.55  97.85 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00
GDT RMS_LOCAL    0.35   0.61   0.70   0.93   1.14   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26
GDT RMS_ALL_AT   1.37   1.33   1.32   1.28   1.27   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26   1.26

# Checking swapping
#   possible swapping detected:  E    32_A      E    32_A
#   possible swapping detected:  D    66_A      D    66_A
#   possible swapping detected:  E    77_A      E    77_A
#   possible swapping detected:  E   113_A      E   113_A

#      Molecule1      Molecule2  DISTANCE    Mis    MC     All    Dist_max   GDC_mc  GDC_all
LGA    N    29_A      N    29_A     1.389     0    0.074   0.112     1.664   81.548   80.417
LGA    I    30_A      I    30_A     0.848     0    0.035   0.177     1.085   90.476   90.536
LGA    D    31_A      D    31_A     0.813     0    0.080   0.322     1.290   90.476   89.345
LGA    E    32_A      E    32_A     0.809     0    0.047   0.286     1.663   90.476   89.577
LGA    I    33_A      I    33_A     0.725     0    0.029   0.160     1.221   90.476   89.345
LGA    I    34_A      I    34_A     0.440     0    0.056   0.117     0.582  100.000   97.619
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LGA    V    41_A      V    41_A     0.317     0    0.027   0.042     0.562  100.000   98.639
LGA    P    42_A      P    42_A     0.136     0    0.053   0.071     0.263  100.000  100.000
LGA    Y    43_A      Y    43_A     0.202     0    0.067   0.184     0.642   97.619   96.032
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LGA    K    45_A      K    45_A     0.495     0    0.067   0.141     0.724   95.238   92.593
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LGA    R    58_A      R    58_A     1.345     0    0.098   1.546     8.277   79.405   56.407
LGA    E    59_A      E    59_A     1.992     0    0.093   0.712     2.856   66.905   70.265
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LGA    K    61_A      K    61_A     2.119     0    0.044   0.592     3.846   60.952   64.286
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LGA    H    63_A      H    63_A     4.168     0    0.120   0.152     5.550   41.786   32.476
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LGA    A    67_A      A    67_A     3.254     0    0.067   0.078     3.588   51.786   50.095
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LGA    K    78_A      K    78_A     1.248     4    0.029   0.034     1.522   81.429   44.286
LGA    Q    79_A      Q    79_A     1.067     0    0.115   0.243     1.409   81.429   81.429
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LGA    K    81_A      K    81_A     1.012     4    0.080   0.088     1.019   83.690   47.249
LGA    G    82_A      G    82_A     1.003     0    0.045   0.045     1.305   81.429   81.429
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LGA    K    85_A      K    85_A     1.101     0    0.041   0.856     3.967   81.429   72.963
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LGA    P   107_A      P   107_A     0.919     0    0.110   0.138     1.141   88.214   86.599
LGA    E   108_A      E   108_A     1.166     0    0.040   0.430     2.779   83.690   76.878
LGA    D   109_A      D   109_A     1.015     0    0.186   0.521     1.980   81.548   84.881
LGA    Q   110_A      Q   110_A     0.859     0    0.142   0.832     1.794   90.476   84.550
LGA    Y   111_A      Y   111_A     0.716     0    0.024   0.220     0.933   90.476   92.857
LGA    K   112_A      K   112_A     0.759     0    0.034   0.648     1.470   90.476   86.455
LGA    E   113_A      E   113_A     0.729     0    0.017   0.508     3.448   90.476   80.159
LGA    N   114_A      N   114_A     0.371     0    0.008   0.120     0.685  100.000   98.810
LGA    Y   115_A      Y   115_A     0.307     0    0.073   0.088     0.645  100.000   96.825
LGA    E   116_A      E   116_A     0.398     0    0.029   0.180     0.910  100.000   95.767
LGA    T   117_A      T   117_A     0.475     0    0.064   0.955     2.203   95.238   88.367
LGA    F   118_A      F   118_A     0.599     0    0.028   0.111     0.815   92.857   91.342
LGA    L   119_A      L   119_A     0.688     0    0.017   0.022     0.805   90.476   91.667
LGA    A   120_A      A   120_A     0.736     0    0.143   0.158     0.806   90.476   90.476
LGA    A   121_A      A   121_A     0.760     0    0.644   0.583     2.157   79.643   83.714

# RMSD_GDC results:       CA      MC common percent     ALL common percent   GDC_mc  GDC_all
NUMBER_OF_ATOMS_AA:       93     372    372  100.00     756    756  100.00                93
SUMMARY(RMSD_GDC):     1.261          1.279                  1.590           86.865   82.879

#CA            N1   N2   DIST      N    RMSD    GDT_TS    LGA_S3     LGA_Q 
SUMMARY(GDT)  123   93    4.0     93    1.26    93.280    96.831     6.833

LGA_LOCAL      RMSD:   1.261  Number of atoms:   93  under DIST:   4.00
LGA_ASGN_ATOMS RMSD:   1.261  Number of assigned atoms:   93 
Std_ASGN_ATOMS RMSD:   1.261  Standard rmsd on all 93 assigned CA atoms 

Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules  (1=>2)
  X_new =  -0.906365 * X  +  -0.387035 * Y  +   0.169428 * Z  +  15.048609
  Y_new =  -0.400026 * X  +   0.915172 * Y  +  -0.049378 * Z  +  -5.090130
  Z_new =  -0.135945 * X  +  -0.112531 * Y  +  -0.984305 * Z  +  11.730706 

Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ:
           Phi     Theta       Psi   [DEG:       Phi     Theta       Psi ]
XYZ: -2.725953  0.136367 -3.027762   [DEG: -156.1856    7.8132 -173.4780 ]
ZXZ:  1.287209  2.964187 -2.262241   [DEG:   73.7517  169.8354 -129.6169 ]
 
# END of job
